Після відновлення незалежності України у 1991 році ряд найавторитетніших українських вчених дійшов висновку про необхідність вибудовування нових підходів до подальшого розвитку української науки. Серед цих науковців був і видатний фізик-теоретик, віце-президент Національної академії наук України Віктор Григорович Бар’яхтар. На його думку, в Україні необхідно було побудувати нову організаційну структуру, яка би дала змогу наблизити фундаментальну академічну науку до практичної університетської, об’єднавши таким чином талановиту наукову молодь і досвідчених керівників наукових шкіл. Сам Віктор Григорович на той час за сумісництвом був деканом фізико-математичного факультету Київського політехнічного інституту. Протягом багатьох попередніх років він вибудував практику творчої співпраці з найбільш здібними студентами та залучав їх до науково-дослідної роботи у наукові відділи спочатку Донецького фізико-технічного інституту НАНУ, а потім Інституту металофізики НАНУ.
Цими міркуваннями Віктор Григорович поділився зі своїм колишнім учнем, заслуженим діячем науки і техніки України, д. ф.-м. н. Юрієм Івановичем Горобцем, який тоді обіймав посаду заступника Міністра освіти України. Юрій Іванович підтримав ідею створення нового типу науково-дослідного інституту, який би був одночасно підпорядкованим як Національній академії наук України, так і Міністерству освіти України, що дозволило б якнайкраще координувати наукову роботу. Такий науково-дослідний інститут мав отримати широкі можливості участі у наукових проектах як академічної, так і університетської науки. Цей підхід гарантував розширення технічних можливостей і дозволяв приймати до аспірантури, на стажування та на роботу здібних випускників закладів вищої освіти і талановиту молодь. Проект створення науково-дослідного інституту подвійного підпорядкування був підтриманий Президентом НАН України Б.Є. Патоном. Міністр освіти України В.Г. Кремінь також вважав цю ідею своєчасною і перспективною.
Таким чином, у червні 1995 року Президія Національної академії наук України прийняла постанову від 07.06.1995 № 172 про створення Інституту магнетизму НАН України. Інститут було побудовано на базі двох відділів Інституту металофізики НАН України: відділу теоретичної фізики (завідувач відділу – академік НАН України В. Г. Бар’яхтар) та відділу фізики плівок (завідувач відділу – відомий фізик-експериментатор, д. ф.-м. н. А. М. Погорілий). Основним науковим напрямом діяльності новоствореного інституту було визначено дослідження магнітних властивостей речовин. Інститут увійшов до складу Відділення фізики і астрономії НАН України. Директором ІМаг НАНУ було призначено академіка В.Г. Бар’яхтара, а його заступником з наукової роботи – д. ф.-м. н. А. М. Погорілого. Цією ж постановою Інституту надавалось приміщення автоклавного корпусу, який знаходився на балансі ІМФ НАНУ. Згодом, 17 серпня 1995 року був підписаний спільний наказ Президента НАН України і Міністра освіти України № 181/249 про подвійне підпорядкування Інституту магнетизму Міністерству освіти України та Президії Національної академії наук України.
У вересні 1995 року до складу Інституту увійшов Відділ синтезу монокристалів Інституту геохімії, мінералогії та рудоутворення ім. М.П. Семененка НАН України, який очолив відомий дослідник, доктор геолого-мінералогічних наук Георгій Тихонович Остапенко. З березня 1996 року до складу Інституту приєднався Відділ магнітоструктурних перетворень під керівництвом д. ф.-м. н., професора Кокоріна Володимира Володимировича за переведенням з ІМФ НАН України. Таким чином, на кінець 1996 року в складі Інституту було 4 відділи:
• Відділ теоретичної фізики, завідувач відділу д. ф.-м. н., професор Євген Дмитрович Білоколос.
• Відділ фізики плівок, завідувач відділу д. ф.-м. н., професор Анатолій Миколайович Погорілий.
• Відділ магнітоструктурних перетворень, завідувач відділу д. ф.-м. н. Володимир Володимирович Кокорін.
• Відділ синтезу монокристалів, завідувач відділу д. г.-м. н., професор Георгій Тихонович Остапенко.
У квітні 1997 року в Інституті був створений відділ нанокристалічних структур який очолив Заслужений діяч науки і техніки України, д. ф.-м. н., професор Юрій Іванович Горобець. У вересні цього ж року був створений Відділ фізики магнітних матеріалів, завідувачем якого призначено Заслуженого діяча науки і техніки України, д. ф.-м. н., професора Віктора Федоровича Лося.
Окрім цього, в Інституті працювали два підрозділи, спільні з провідними закладами вищої освіти України:
1. Центр магнітних технологій у харчовій промисловості, спільний з Київським національним університетом харчових технологій (спільний Наказ МОН України та НАН України № 393/279 від 17.11.1998);
2. Науково-навчальний центр високобаричних досліджень спільний з Київським національним університетом ім. Т. Шевченка (спільний Наказ МОН України та НАН України № 555-22 від 29.12.1999 року).
За ініціативою В.Г. Бар’яхтара та Ю.І. Горобця з метою ефективнішого використання сучасного наукового обладнання та передачі досвіду провідних науковців створено три спільні лабораторії Інституту магнетизму та НТУУ "Київський політехнічний інститут":
• Лабораторія комп’ютерної фізики;
• Лабораторія скануючої растрової та електронної мікроскопії для наноструктурних досліджень;
• Лабораторія фізичних та інформаційних технологій в біології та медицині.
Засновники та перші керівники інституту - В.Г. Бар'яхтар (по центру), А.М. Погорілий (зліва), Ю.І. Горобець (справа)., 2005 р.
Невід'ємним завданням Інституту завжди була підготовка талановитих наукових кадрів. Науковці Інституту брали активну участь у підготовці кадрів провідних університетів Києва: НТУУ «Київський політехнічний інститут імені Ігоря Сікорського», Київського національного університету ім. Тараса Шевченка, Національного авіаційного університету, Києво-Могилянської академії, тощо. У подальшому Інститут магнетизму став базовим для підготовки студентів фізико-математичного факультету НТУУ «Київський політехнічний інститут імені Ігоря Сікорського», фізичного та радіофізичного факультетів Київського національного університету ім. Тараса Шевченка.
Аспірантуру при Інституті магнетизму було створено Розпорядженням Президії НАН України № 483 від 10.07.2007 р. У перші роки існування Інституту набір аспірантури нашого інституту був одним з найвищих по Національній академії наук України. На конкурсній основі приймались випускники провідних українських вищих навчальних закладів за спеціальностями: 01.04.07 – фізика твердого тіла; 01.04.11 – магнетизм; 01.04.02 – теоретична фізика; 21.06.01 – екологічна безпека. Аспірантура, а також докторантура за цими спеціальностями успішно працювала до 2022 року. Згодом спеціальності підготовки в аспірантурі змінилися на спеціальності 104 «Фізика та астрономія» та 105 «Прикладна фізика та наноматеріали». З 2025 року вони були трансформовані у спеціальності Е5 «Фізика та астрономія» та Е6 «Прикладна фізика та наноматеріали».
Завдяки наполегливості В.Г. Бар’яхтара та Ю.І. Горобця 17 травня 2004 року в Інституті магнетизму була створена Спеціалізована вчена рада Д26.248.01 з правом прийняття до розгляду та проведення захистів дисертацій на здобуття наукового ступеня доктора (кандидата) фізико-математичних наук за спеціальностями: 01.04.02 – теоретична фізика, 01.04.11 – магнетизм. Ученим секретарем спеціалізованої вченої ради є к.ф.-м.н. Козлова Лариса Євгенівна. За 20 років існування спеціалізованої вченої ради було захищено понад 60 дисертацій, з них 41 кандидатська та 19 докторських дисертацій.
На даний час в Інституті діє спеціалізована вчена рада із захисту дисертацій за спеціальностями: 01.04.02 – теоретична фізика; 01.04.11 – магнетизм.
У 2007 році в Інституті створено Центр колективного користування науковими обладнанням «Лабораторія скануючої мікроскопії» на базі атомно-силового мікроскопу Solver Pro-М та ЕПР-спектрометра ELEXSYS E500. У 2023 році центр перейменовано на Центр колективного користування науковим обладнанням «Магнітних та структурних досліджень».
У 2016 році після виходу на пенсію академіка В.Г. Бар’яхтара, його було призначено Почесним директором Інституту, а Інститут очолив Заслужений діяч науки і техніки України, д. ф.-м. н., член-кор. Національної академії педагогічних наук України Юрій Іванович Горобець. Тоді ж була проведена оптимізація структури інституту, у результаті якої була затверджена наступна структура Інституту:
• відділ теорії магнітних явищ та магнітної динаміки конденсованих середовищ (№01) (зав. відділу докт. фіз.-мат. наук В.О. Голуб). До складу відділу увійшла Лабораторія магнітних матеріалів (зав. лабораторії доктор фіз.-мат. наук, проф., член-кореспондент НАН України Б.О. Іванов).
• відділ Фізики плівок (№02) (зав. відділу доктор фіз.-мат. наук, проф. О. І. Товстолиткін).
• відділ фізики мезо- та нанокристалічних магнітних структур (№03) (зав відділу доктор фіз.-мат. наук, проф. Ю.І. Джежеря). До складу відділу увійшли Лабораторія нанокристалічних структур (зав. лабораторії канд. фіз.-мат. наук Д.О. Дереча) та Лабораторія проблем організації наукових досліджень у вищих навчальних закладах (зав. лабораторії канд. техн. наук С.М. Порев).
На жаль, на початку 2021 року раптова смерть обірвала життя директора Інституту Ю.І. Горобця. Виконання обов’язків директора Інституту було покладено на його заступника з наукової роботи, Заслуженого діяча науки і техніки України, д. ф.-м. н. Лося Віктора Федоровича з 11.03.2021 року на строк до обрання нового директора Інституту.
У червні 2021 року директором Інституту було обрано відомого фізика-експериментатора, д. ф.-м. н., професора Олександра Івановича Товстолиткіна, якому В. Ф. Лось передав свої повноваження. Постановою Президії НАН України № 177 від 09.06.2021 року. О.І. Товстолиткін був затверджений на посаді директора. У цей час на території України швидко поширювалась епідемія інфекційної хвороби COVID-19, що значно ускладнило наукову і викладацьку діяльність співробітників Інституту. Але завдяки ефективній організації праці, навіть під час карантину, Інститут продовжував успішно виконувати намічені плани.
У грудні 2021 року у зв’язку з переведенням частини співробітників Інституту прикладних проблем фізики і біофізики до ІМаг НАН України та розширенням напрямів досліджень, було створено лабораторію магнітоструктурних перетворень та лабораторію біосенсорів, підпорядкованих Відділу фізики плівок № 02.
У 2022 році Лабораторний комплекс дослідних установок для проведення експериментів в умовах високих газо- та гідростатичних тисків та температур Інституту магнетизму було включено у Перелік наукових об’єктів, яким надано статус таких, що становлять національне надбання (Постанова Кабінету Міністрів України від 4 листопада 2022 р. № 1243).
У 2024 році Інститут вийшов із підпорядкування Міністерства освіти і науки України і був перейменований на честь свого засновника.
Теперішня назва – Інститут магнетизму імені В.Г. Бар’яхтара Національної академії наук України.
У 2025 році Інститут пройшов державну атестацію і отримав категорію «Б».
Інститут був і є провідним науковим центром фізики магнітних явищ та матеріалів в Україні. Протягом свого існування в Інституті сформувалися наукові школи: академіка НАН України В.Г. Бар'яхтара, член-кореспондента НАН України А.М. Погорілого, член-кореспондента НАН України Б.О. Іванова, член-кореспондента АПН України Ю.І. Горобця та професора В.В. Кокоріна. Інститут регулярно виступає організатором (співорганізатором) наукових конференцій у галузі магнетизму. Нещодавно Інститут виступив співкоординатором міжнародної програми IEEE (Інститут інженерів з електротехніки та електроніки) «Magnetism for Ukraine Initiative» − грантової програми, що була ініційована Магнітною спілкою IEEE (IEEE Magnetics Society) для підтримки українських вчених у галузі магнетизму у складних умовах воєнного часу та профінансована IEEE за підтримки Українського науково-технологічного центру.